27 de mayo de 2023, fecha en la que el sueño del Beasain llegó al final. Aquella tarde en Ourense se confirmó su descenso a Tercera RFEF una campaña después de lograr el ascenso. El golpe fue duro y más después de lograr el playout en la última jornada, los vagoneros contaban con dos partidos más para una salvación que sería asegurarse otro año en la cuarta categoría del fútbol español.
El mazazo fue duro, pero no había tiempo que perder, y desde ese 27 de mayo se puso el objetivo de conseguir una plantilla competitiva para volver. Asumiendo la salida de jugadores importantes, la directiva también tuvo que buscar un nuevo técnico tras la salida de Igor Gordobil. En su lugar vino Mikel Arruabarrena, ex-jugador del Eibar en Primera División y con experiencia en Tercera tras entrenar al Tolosa. La 23/24 pintaba bien tras lograr el puesto del playoff con un tercer puesto meritorio detrás del Eibar B y Basconia, tercer equipo del Athletic. Tenía 3 eliminatorias por delante para volver a subir, pero los de Arruabarrena se quedaban en la segunda. En la primera superó al Deusto, cuarto clasificado, y en el segundo quedó apeado por el Portugalete, quinto clasificado en el mismo grupo que el Beasain. Golpe duro de digerir pero que no quedaba otra que levantarse para volver a conseguirlo.
29 de julio de 2024, segunda temporada con Mikel al mando y con el mismo objetivo de certificar el playoff. Otro verano más con movimiento y fichando jugadores destacados del grupo 4 de Tercera RFEF para ese salto competitivo. El inicio de temporada no fue el mejor tras ganar 1 partido de 8 posibles y haber sumado 5 puntos de 24 posibles. El equipo de Goierri se metía en descenso y veía que el objetivo de la temporada empezaba a torcerse muy pronto. El aspecto positivo de la situación era que quedaban más de 20 jornadas por delante para darle la vuelta y recortar puntos a los de arriba. El 2 de noviembre vino ese click con un triunfo de oro ante el líder Basconia, remontando un 2-0. Después llegaron otros cinco triunfos y en total venció en 6 partidos de 7 choques, logrando una subida importante en la clasificación. Desde la derrota ante el Pasaia en noviembre, solo perdió 2 encuentros hasta final de temporada ante el tercer equipo del Athletic y del Alavés.
Los vagoneros llegaron a tiempo para certificar el playoff con un cuarto puesto que le hacía disputar la vuelta de las dos primeras eliminatorias a domicilio. Primero esperaba el Leioa, equipo que le ganó en Loinaz y que en la vuelta empataron a 1 en liga regular. Pese a quedar por debajo en la clasificación, los de Mikel aprovecharon la ventaja de campo en la ida para vencer 1-0 y posteriormente dar el golpe con otro triunfo por 1-3 en tierras vizcaínas. Dos triunfos que dieron mucha confianza al equipo para afrontar la última eliminatoria del grupo, la penúltima para el ascenso. Enfrente estaba el Portugalete, mismo rival que el año pasado pero con el cambio de orden de los partidos en casa y fuera. El primero se jugaba en Loinaz y el segundo en La Florida, tras quedar segundo el equipo vizcaíno y cuarto el conjunto guipuzcoano. La ida terminó con empate a uno, dejando todo para decidirse en el campo de fútbol del Portugalete, teniendo estos la ventaja al valerle el empate al final de la prórroga por quedar por encima en la tabla. El equipo de Goierri tenía que salir a ganar pero sin volverse loco, ya que con 1 gol de ventaja le valía para pasar a la última ronda. Dicho y hecho, el tanto de Ander Bengoetxea en el minuto 54 fue el único del encuentro y el Beasain logró acceder a la última ronda.
Tan solo le queda un paso, un partido para redondear una temporada que va a terminar este 21 de junio y que comenzó el 29 de julio con la pretemporada. 11 meses largos con momentos duros que pueden tener el premio final deseado delante de tu afición, situación que no se pudo vivir la última vez que ascendió a Segunda RFEF. El Cortes se lo puso complicado en la ida con el 1-0 a favor en el minuto 6 de partido, pese a ello, los de Arruabarrena no se vinieron abajo e igualaron el encuentro a los pocos minutos del descanso con gol de Ander Bengoetxea, delantero que está haciendo una gran temporada y ya ha conseguido 4 goles en los 5 partidos del playoff. A la vuelta de los vestuarios los vagoneros le dieron la vuelta al resultado con un gran gol de Markel Pita, culminando la remontada y poder rematar la faena en Loinaz.